nexromant пока что сам не разобрался, применил лишь костыль, но такой костыль не есть хорошо.
Дело в том, что в расширении идет сравнение по hex заголовку (несмотря на то, что заголовок mime указан что в самом расширении, что на сервере в конфиге)
P.S. (по поводу mime) - это влияет лишь на то, что сервер будет отдавать в браузер, а именно что бы apk файл на устройство не скачивался как zip, а как apk, но на загрузку файла на сервер - это никак не влияет.
Можно проверить это перейдя в каталог, в котором хранятся файлы залитые через расширение, и там ты увидишь, что они уже в формате zip, а так как браузер тебе даже не отдавал http заголовок с mime типом (т.к. ты не скачивал, а заливал) - то все это мимо.
Так вот, в расширении идет сравнение по hex заголовку, а именно по шестнадцатиричной сигнатура, а т.к. у zip и apk она одинаковая (фактически и то и это является архивом), то и расширение дает ему формат zip.
Просто в файле с активным hex заголовками вписать по аналогии правило к apk - тоже не получится, тогда все zip будут превращаться в apk (исправить сложно, т.к. много зависимостей).
Единственный выход - переработка расширения, или создание нового.